Le Sanctuaire Pelagos s'articule, depuis septembre 2004, autour d'un plan de gestion. Il permet, en effet, d'assurer une tutelle efficace de la zone de compétence de l'Accord dans un objectif de durabilité.

Le plan de gestion regroupe les réflexions de chaque partie et les mesures pratiques à suivre et à mettre en œuvre dans le but de gérer l'espace du Sanctuaire de manière globale. Une gestion globale signifie que les problématiques suivront une approche :

  • écosystémique, c'est-à-dire que les variables seront replacées dans leur contexte naturel et socio-économique ;
  • dynamique, c'est-à-dire que les actions menées dans le cadre du plan de gestion seront constamment évaluées et adaptées en fonction des résultats ;
  • fonctionnelle, car l'organisation qui sera adoptée devra faciliter les coopérations entre organismes.

Les variables naturelles correspondent aux facteurs écologiques du milieu (lumière, hydrodynamisme, pression hydrostatique, température, salinité, substrat benthique, etc.), aux interactions entre les organismes, et tout ce qui concerne la structure et le fonctionnement des écosystèmes marins : eaux du large, upwellings, zones néritiques, hydrodynamisme, estuaires, canyons, etc.

Il faut ajouter la variable anthropique : apport en substances polluantes (pollutions chimiques urbaines et industrielles), espèces allochtones, exploitation des écosystèmes (variable socio-économique : pêche, aquaculture, utilisation de la biodiversité), aménagement de la zone côtière, navigation commerciale, plaisancière ou sportive, tourisme et activités correspondantes (whale-watching).

Le plan de gestion tient aussi compte des actions conduites dans le cadre d'autres Accords et programmes internationaux (ACCOBAMS, RAMOGE, UNEP/MAP).

L’élaboration du plan de gestion s'est effectuée en plusieurs étapes :

  • rédaction d'un sommaire détaillé et adoption par les Parties contractantes (février 2003) ;
  • nomination d'un expert pour rédiger le plan de gestion, le Dr. Virginie Tilot. Un travail d'enquête auprès des acteurs qui composent le contexte socio-économique du Sanctuaire aura été longuement mené ;
  • création d'un groupe de travail spécifique, composé de trois ou quatre représentants de chaque Partie, dans le but de suivre et d'assister l'expert dans sa tâche, tout au long de la phase d'enquête et de rédaction ;
  • remise d'un avant-projet en décembre 2003 ;
  • finalisation au printemps 2004 ;
  • adoption le 15 septembre 2004 à Elbe, lors de la 2ème Conférence des Parties Contractantes à l'Accord.

C'est ainsi que l'adoption et l'application du plan de gestion a marqué l'entrée du Sanctuaire Pelagos dans une nouvelle dynamique, portée sur une coopération internationale régulière et efficace, dont le but inchangé, est de permettre aux mammifères marins d'évoluer, en compagnie des hommes, dans un environnement qui leur est favorable.

Pour faciliter la lecture de ce volumineux document, une pdf  synthèse opérationnelle  a été rédigée par un groupe de travail spécial, composé d'un représentant de chaque partie. Elle regroupe l'ensemble des mesures de gestion que préconise le plan.

ACCOBAMS : Accord sur la conservation des cétacés de la mer noire, de la méditerranée et de la zone atlantique adjacente ; 

RAMOGE : Accord entre la France, Monaco et l'Italie pour la protection du littoral entre Marseille et La Spezia (It) ;

UNEP/MAP : Plan d'Action pour la Méditerranée, résultant de la convention de Barcelone (1975) dans le cadre du Programme des Nations Unies pour l'Environnement.