Avant 2004, chaque Partie à l'Accord organisait au niveau national sa réflexion et ses projets de gestion. La concertation avec les autres Parties était informelle et n'intervenait que ponctuellement pour la mise en place d'objectifs communs dans le cadre de la rédaction du pdf Plan de gestion , adopté officiellement par les trois pays en septembre 2004.

La mise en oeuvre effective et concertée des dispositions du plan de gestion entre les trois Parties Contractantes est observée depuis la mise en place du Secrétariat Permanent en 2006.

L’organigramme général de l’Accord Pelagos peut se schématiser comme suit.