Prima del 2004, ciascuna Parte dell'Accordo organizzava la propria riflessione e i propri progetti di gestione a livello nazionale. La concertazione con le altre Parti era informale e interveniva solo in modo mirato per la realizzazione di obiettivi comuni nel quadro della redazione del Piano di gestione, approvato ufficialmente dai tre paesi nel settembre 2004.

È solo dopo la costituzione del Segretariato Permanente, avvenuta nel 2006, che le tre Parti Contraenti procedono all'attuazione effettiva e concertata delle disposizioni del piano di gestione.

L’organigramma generale dell'Accordo Pelagos può essere così schematizzato: