Il Comitato scientifico e tecnico (CST) è l'organo che collabora con il Segretariato permanente e i Punti focali nazionali (di Francia, dell'Italia e del Principato di Monaco). È composto da un Presidente, da un capo delegazione, da cinque membri per ogni paese membro dell'Accordo e da eventuali esperti. Il CST trasmette alle Parti, pareri e consigli per l'attuazione degli obiettivi dell'Accordo. Esso assiste il Segretariato permanente nella preparazione di risoluzioni, raccomandazioni, orientamenti, programmi di lavoro e priorità internazionali. La Riunione delle Parti è chiamata a deliberare la ratifica delle proposte del CST, stabilite in funzione del piano di gestione e delle azioni prioritarie.

La prima riunione del CST dell’Accordo Pelagos si è tenuta a Monaco il 6 ottobre 2006 presso il Ministero di Stato, su cortese invito del Governo del Principato di Monaco.

Nell'ottica di migliorare la governance dell’Accordo, come stabilito in occasione della VI Riunione delle Parti, tenutasi a Hyères (Francia) dal 15 al 16 dicembre 2015, la Presidenza del CST, che fino a quel momento era prerogativa del Principato, è ricoperta a turno, e ogni due anni, dai paesi membri dell'Accordo. La Presidenza del CST è attualmente assicurata dall'Italia, nella persona del Dottor Leonardo Tunesi, Direttore di ricerca in biodiversità marina e nella protezione delle specie e dell'habitat presso l' "Istituto Superiore per la Protezione e Ricerca ambientale" (ISPRA).